Kegiatan siswa intra sekolah pada dasarnya telah ditetapkan oleh sekolah untuk masing-masing jurusan. Kegiatan laboratorium fisika, kimia, biologi diperuntukkan bagi siswa-siswa jurusan IPA. Kegiatan laboratorium bahasa, dan akuntansi diperuntukkan bagi siswa-siswa jurusan IPS.

Selain itu siswa SMAK Santa Maria juga dianjurkan untuk memilih salah-satu dari kegiatan ekstra kurikuler. Kegiatan ekstra kurikuler (seni tari, karawitan, marching band, band sekolah, seni panggung, seni lukis, komputer dan internet) ini sebagai penunjang dan menambah khasanah pengetahuan para siswa. Juga bertujuan meningkatkan kehidupan mental siswa. Banyak siswa merasa terbantu dengan adanya kegiatan ekstra kurikuler ini setelah mereka lulus dari SMAK Santa Maria.